日時：２００９年９月１日（火)１５：１０−１６：４０
場所：発達科学部Ｇ３０２号室
本研究では、酵素触媒機構を決定する要因を考慮し、
酵素とリガンドの反応部位に特に注目し、
PDB中に登録されている酵素立体構造データのリガンドのアノテーションから
酵素触媒機構の系統的な分類まで行う酵素触媒機構データベース、
EzCatDB
(URL:http://mbs.cbrc.jp/EzCatDB/)
を開発している[1,2]。
このデータベースでは、(1)基本反応、(2)リガンドの反応部位の構造、
(3)触媒機構の種類、(4)酵素側の触媒残基、補酵素の種類、
というように階層的に酵素触媒反応を分類している。
更に、この酵素反応データベースに登録されている酵素蛋白質の配列をシードにして、
UniProtと呼ばれる蛋白質の配列データベースを解析した。
その結果、生物種を超えて普遍的に存在する酵素もあれば、
生物種に特異的な酵素も観られることが判明した。
本セミナーでは、こうした酵素蛋白質の解析結果についても紹介する。
参考文献
(1) Nozomi N. (2005) Nucleic Acids Research, 33 Database Issue, D407-D412.
(2) Nozomi Nagano, Tamotsu Noguchi, Yutaka Akiyama (2006) PROTEINS:
Structure, Function, and Bioinformatics. 66, 147-159.
多数の方々のご来聴をお待ちしております。
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□ 連絡先： 田中 成典 (発達科学部 自然環境論コース)
電子メール：ｔａｎａｋａ２＠ｋｏｂｅ−ｕ．ａｃ．ｊｐ